El Colegio de Teología fue fundado para la preparación de pastores laicos que pudieran estar capacitados para atender las casas de oración y abrir también nuevas iglesias. Todo esto en función de las expectativas del crecimiento de la población cristiana-evangélica; situación provocada por el momento histórico que vivía el país, período en el cual muchas personas buscaron a Dios como una alternativa a su sufrimiento e inseguridad personal, tanto dentro como fuera de sus hogares.

La estrategia fue capacitar maestros que atendieran a los nuevos estudiantes de teología, a quienes no se les exigía ningún nivel académico, simplemente el deseo de estudiar la Palabra de Dios. Esta primera inscripción fue de 15 alumnos. En la actualidad sobrepasan los 800 estudiantes, atendidos por personal graduado en Teología y con un grado académico a nivel superior-universitario.

El aumento de la matrícula de cada año, las perspectivas del Evangelio en nuestra sociedad y cambios educativos realizados  en nuestro país, nos mueve a mejorar y ampliar el currículo del Colegio Bautista de Teología de El Salvador (CBT), nombre con el cual se le conoce a partir del año 2004, para preparar a los estudiantes con la sana doctrina bautista.

El CBT fue desarrollado para proveer instrucción a nivel cristiano-teológico para aquellos con poca o sin oportunidad de recibir tal instrucción por los medios convencionales. La instrucción en Teología es única en varias maneras: primero, por ofrecer cursos matutinos, vespertinos y sabatinos, por lo que los estudiantes  no tienen que abandonar sus responsabilidades presentes para asistir a las clases; segundo, por el costo accesible para ampliar la educación a nivel de colegio; tercero, la instrucción es ofrecida utilizando métodos tradicionales y tecnológicos para realizar las oportunidades educacionales.

Finalmente, todas las áreas del Colegio consideran su multiplicidad cultural y étnica, un enriquecimiento y consistencia valiosa en el proceso educacional.